柯文哲上任以來，猛打大巨蛋案，市府甚至下達停工命令。柯Ｐ的鐵腕固然有人叫好，卻也在企業、工程界引發不少爭議，甚至拉低其個人支持度，尤其幾次發言反覆，決策不清，資料外洩，名嘴信口開河，卻又始終拿不出足以讓遠雄或前任市長馬英九、郝龍斌「一刀斃命」的資料，民眾從一開始「搬凳子看好戲」，到後來卻看不出理路，導致疑慮漸多。目前市府要求解約的的理由是「工期延宕」,停工的理由是「未依圖施工」，復工的要求為「新公安要求」，

調子拉太高但無證據 : 於法制外成立廉政委員會調查「5大弊案」，後續柯市長改稱為「5大案」，而其中一案的大巨蛋調查報告送交無調查權的法務部，而不送交檢調單位，遭「規避誣告法律責任」之議。

合約決定反覆: 柯市府2015年1月發新聞稿「市府和遠雄雙方達成共識，將重新議約，遠雄承諾年底前完工，市府全力協助」，2015年3月北市府變為不同意延期要求解約，遠雄提多項工期延展仲裁，2016年4月市府提合議解約，將請第三方鑑價市府買回巨蛋，2016年5月市府又要求直接解約。

停工復工反覆: 2015年4月柯市長聲明「大巨蛋停工 板南線恐塌」,5月20日勒令遠雄立即停工，後續北市府核准遠雄針對大巨蛋靠近捷運南港線一側的大底工程先行提出報備施工。

停工的依據和比例原則: 2015年5月市府以遠雄不按圖施工，依建築法第58條勒令停工，但全案送到台北市營造業審議委員會進行審議後， 裁處「 遠雄大巨蛋有按圖施工」，且圖面有市府核准章。遠雄向法院聲請大巨蛋停止停工處分，指市府拿錯舊圖勘驗。

新公安要求的合法性: 柯市府官員在議會表示「所有參與大巨蛋都市計畫、環評、審照、發照、施工管理等等代表行使公權力的相關權管單位和相關程序皆依法行政，並無公務員違失放水」。但在大巨蛋拿到建築執照工程進行到80%後，提7項新公安要求。工程界認為同樣的安檢要求台北101大樓、台北轉運站、台北統一阪急等案也不會通過，北市府也拒絕議員要求用同樣的公安標準檢驗北市府其他標案。

安檢軟體的合法性:北市府耗資400萬安檢及電腦模擬，但模擬的疏散人群卻限制經過極少數通道，不可跨過草坪逃走，尤其跑到馬路邊後，全部不過街，造成過度擁擠而傷亡，遠雄指控報告造假。