忽然想到，蛋白質的計算用的可能是隱藏式馬可夫模型，因為這比較適合搜尋未知的結果。

隱藏式馬可夫模型差別就是某些狀態是蓋牌的情況。

我查了一下，隱藏式馬可夫模型有被應用到

生物資訊學 和 基因組學
基因組序列中蛋白質編碼區域的預測
對於相互關聯的DNA或蛋白質族的建模
從基本結構中預測第二結構元素