3~5公里通常應該是不會過量，如果會覺得不對勁，我第一時間想到是姿勢與用力方法不對。
因為不清楚樓主這種每天三五公里已經持續多久？
如果以前很少運動，突然某一天靈光一閃覺得要開始運動，就這樣衝衝衝開始跑，運動過量，一方面姿勢肌肉用力不均，特定肌肉一直在代償，代償到某個程度就會局部肌肉韌帶受傷發炎。
平常不運動突然增加運動量，那就需要休息循序漸進。肌肉沒跟上，就只能維持營養好好休息等肌肉逐漸完備。
其實我也不知道怎麼去找專家問運動姿勢對不對。但是你可以先查一下相關影片，看看自己的姿勢與用力有沒有問題？是不是特定部位動作用力過猛？
如果真的已經不舒服，約個物理治療所找物理治療師詢問也是一個方法。我猜你的坐姿也有可能有問題。
也不一定要跑步做有氧消耗熱量，跑步屬於運動不當會傷膝蓋那種，游泳腳踏車更安全一點。要有氧去跳tabata保證滿身大汗，像我這種就無法超過15分鐘。輪替別的運動會更健康。