綠營：身為最高行政首長，無論公務或私人行程，其維安需求與身分識別是「制度化」的。若讓院長在一般航廈排隊，可能造成機場秩序混亂或國安風險，因此採取特殊交通與通關安排有其現實必要。並強調這是 1972 年台日斷交後首位現任閣揆訪日，具有象徵性的「外交突破」意義。即便自稱私人行程，實質上仍有公務層次的國際影響。

在野：這是特權質疑，認為既然定調為「私人行程」，就不應享用公務便利（如軍用機場起降），否則應正名為「公務外交行程」並接受國會監督預算。