MKV本就可封裝多重音軌+多國字幕這就不用再說了
而這個軟體可以把 多重音軌+多國字幕封裝成例如MP4等 播放時可自選音軌和字幕

Yamb MP4Tools 從原軟體網站下載 自行合併壓縮
已檢測 成功合併為720P+日語發音+繁中字幕(無損) 過程只須幾分鐘

載點: https://mega.co.nz/#!vs512QyJ!Ost2gEjli_iN7Iq8AgF1oGaB38BT5d-p2ShhHXC9upg

內附使用說明

設定:
1 打開 settings -->點2次左鍵
2 MP4Box Location: 打開-->選擇-->MP4Box.exe
3 Temp Dir:選擇輸出

使用:
1:Creation: 選1-->點2次左鍵
2:add 選擇檔案-->Next
3:選擇視頻 音頻 字幕-->Next

影片裁切
1: 點選 Editing的Split(先用MediaInfo看影片時間)
2: 選擇 Split fron 選定所需要的時間 再按NEXT


剛試過 MP4+字幕(因無須再次編碼) 所以約花1分鐘就完成合併動作
PS字幕檔須先轉成SRT) 未能支援ASS字幕檔 殘念.......