琉球群島在歷史上曾有琉球國等獨立之國家。古琉球國曾與中國建立長久的朝貢關系。中國自隋朝起就有關於“流求國”的記載。渡日唐朝僧人鑒真在《唐大和上東征傳》中首次記錄了沖繩本島居民的自稱“阿兒奈波”。
12世紀，琉球本島出現了山南、中山、山北三個王國，這個時期稱為“三山時代”。1370年代至1380年代，三山陸續入貢明朝。同時與中國（明朝與清朝）及日本薩摩藩、江戶幕府有朝貢關系。
1406年，尚巴志發兵起義陸續滅中山、山北、山南；1422年接受明朝冊封，被賜姓“尚”，改國號為“琉球”。 琉球國第一尚氏王朝建立；1469年，琉球國第二尚氏王朝建立。
1871年日本強制“冊封”琉球國王為藩王（當時琉球國尚屬清日兩國的附屬國），使琉球成為日本的令制國。1872年改置琉球藩，1879年琉球藩被廢除，3月先編入鹿兒島縣，4月又改置沖繩縣，原琉球藩奄美群島除外的其余島嶼群均納入沖繩縣管轄，奄美群島則分屬鹿兒島縣轄下。清政府雖對此於1877年至1880年提出交涉，中日就琉球問題開始談判，但清廷最終未與日本簽訂劃分琉球群島的條約，即未承認日本擁有琉球的主權。
1943年《開羅宣言》明確提出：“剝奪日本自從一九一四年第一次世界大戰開始後在太平洋上所奪得或占領之一切島嶼”“其他日本以武力或貪欲所攫取之土地，亦務將日本驅逐出境”；二戰後的《波茨坦公告》第8條的補充規定：“開羅宣言之條件必將實施，而日本之主權必將限於本州，北海道，九州，四國及吾人所決定其他小島之內”，但未明確哪些小島；1947年4月，聯合國依照《關於前日本委任統治島嶼的協定》，把琉球群島和釣魚台列嶼（釣魚台列嶼在日本和美國被認為是琉球群島的一部分）交給美國托管。1952年美國代表同盟國與日本簽定《舊金山和約》，日本無琉球群島主權。
美國政府迄今從未明確琉球群島主權歸屬日本，始終宣稱以行政權交付日本，此於《舊金山和約》中也有體現。中華人民共和國政府也從未正式承認琉球群島是日本的領土。